Le fait de disposer d'un système de transport approprié est fondamental pour mettre en marche n'importe quelle exploitation minière, car le prix du mineral, et donc la rentabilité de la mine, sont étroitement lié au coût de son transport jusqu'aux centres de production et de consommation.
Au Gipuzkoa, l'activité minière a été à l'origine de cinq chemins de fer, ainsi que d'autres systèmes, comme les câbles aériens. Deux d'entre eux donnèrent lieu plus tard à deux lignes ferroviaires d'intérêt général.
Si nous effectuons un parcours d'Est en Ouest, nous trouvons à Irun le premier chemin de fer minier qui reliait les réserves minières de la zone à la gare des Chemins de Fer du Nord; de là, le mineral était transporté par wagons jusqu'à sa destination finale: les hauts fourneaux de Bayonne. Construit en 1886 par une société britannique, l'écartement des voies de ce chemin de fer était très anglais, 3 pieds (0.92 mètres). Des années plus tard, en 1916, il adopterait la voie métrique et serait prolongé jusqu'à Elizondo, pour faire ainsi partie du chemin de fer de la Bidassoa.
Deux chemins de fer miniers arrivèrent à coexister dans la contrée d'Oiartzun. Le plus important, construit en 1901, reliait les mines d'Arditurri au port de Pasajes. Un grand pont du type Cantilever permettait de décharger les wagons en les renversant directement dans la cale des bateaux. La fermeture de ce train minier, dont l'écartement des voies était de 0,75 mètres, eut lieu en 1965.
Parallèle en partie à ce train, mais incompatible avec lui à cause de son écartement de seulement 60 cm., un chemin de fer qui reliait plusieurs mines et exploitations forestières de la zone d'Artikutza à la Gare du Nord de Rentería entra en service en 1898. Ses 30 km environ de trajet en font le plus long de la péninsule dans sa catégorie. Sa vie fut cependant courte et il fut abandonné par ses promoteurs en 1917. Peu après, le Conseil Général du Gipuzkoa prit en charge le tronçon final compris entre les carrières de Karrika et de Gabierrota, afin de transporter la pierre qui serait plus tard utilisée pour paver le réseau routier provincial. Ce tronçon fut actif jusqu'aux années cinquante.
Le chemin de fer du Plazaola fut construit en 1901 afin de faciliter la sortie des minerals de fer extraits des mines du même nom. La voie d'un mètre de large serpentait le long de la vallée du Leizarán jusqu'à la gare d'Andoain, où le chargement était transféré aux trains de la Compagnie du Nord. En 1914 la ligne se prolongea dans ses deux extrémités, de Plazaola à Pampelune et d'Andoain à Lasarte, où elle rejoignait celle des chemins de fer Vascongados , devenant ainsi un chemin de fer d'intérêt général. De toute façon, le transport du mineral constitua toujours le principal trafic du Plazaola , et il ne survécut pas longtemps à la fermeture des mines pendant les années quarante. A la suite des inondations de 1953, le chemin de fer, sérieusement touché, fut clôturé; cependant et jusqu'en 1959, quelques trains roulèrent encore pour transporter les produits forestiers de la vallée du Leizarán.
Les mines de Mutiloa eurent aussi leur petit chemin de fer, qui arrivait à la gare du chemin de fer du Nord d'Ormaiztegi. Construit su début du siècle avec une voie de 75 cm. de large, sa petite locomotive à vapeur appelée Mutiloa circula pour la dernière fois en 1947. Peu après, toutes les installations furent démantelées mais son tracé pittoresque est encore conservé de nos jours.
Le chemin de fer contribua non seulement au développement des mines, mais aussi à celui de certaines usines, comme par exemple Cementos Rezola d'Añorga. Un réseau complexe de voies permettait de transporter la pierre depuis les carrières jusqu'à l'usine, tandis que les embranchements correspondants facilitaient la sortie de la production soit vers la voie des chemins de fer Vascongados , soit vers celle du train de banlieue de Donostia à Tolosa. Des locomotives à vapeur, diesel et électriques, voire de curieux camions-trolleys, parcouraient les installations de l'usine jusqu'au dernier recoin.
Le réseau ferroviaire industriel du port de Pasajes fut l'un des plus intéressants du Gipuzkoa. Une bonne liaison avec le réseau ferroviaire est fondamentale pour tout port de mer, afin d'accélérer l'expédition des bateaux.
Le réseau ferroviaire intérieur du port de Pasajes avait la particularité de disposer de voies à deux écartements, puisqu'il était relié aussi bien aux rails de la Compagnie du Nord (1,67 m. de large) qu'à ceux du Topo et du tramway urbain de Donostia, tous deux d'un mètre de large. Le port de Pasajes disposait de ses propres locomotives à vapeur, et modernisa son parc pendant les années soixante avec des locomotives diesel. Une locomotive à vapeur était mise occasionnellement en marche jusqu'au début des années quatre-vingt, mais elle fut démolie en 1989.