Après des années de désinvestissement dans le transport ferroviaire public, un changement de tendance important se produit à la fin des années quatre-vingt. Le renouvellement progressif des voies ferrées du Pays Basque est amorcé, et c'est ainsi que les trains qui prêtaient leur service jusqu'alors, certains d'entre eux avec plus de soixante ans de fonctionnement, obtiennent un repos bien mérité.
Il semblait inévitable que le destin de ces unités historiques fut la démolition, mais la sensibilisation croissante des institutions à l'égard de la valeur patrimoniale de ces trains poussèrent le Département des Transports et des Travaux Publics du Gouvernement Basque à faire en 1989 les premiers pas destinés à créer le Musée Basque du Chemin de Fer.
Après avoir effectué un inventaire, qui refléta la très grande valeur du patrimoine ferroviaire existant au Pays Basque, et qui justifiait à lui tout seul la création d'un musée, on commença à chercher le siège approprié. Le choix échut sur la vieille gare d'Azpeitia, où il y avait de grands terrains disponibles, ce qui est un point fondamental pour un musée de ces caractéristiques. A Azpeitia s'alliaient aussi d'autres éléments intéressants, comme par exemple l'existence de bâtiments ferroviaires d'une grande valeur esthétique et architectonique, ainsi que la présence de l'ancien atelier d'entretien du chemin de fer de l' Urola, qui était conservé dans son état original du début du siècle. Par ailleurs, il ne faut pas oublier qu'Azpeitia et le proche Sanctuaire de Loiola constituent l'une des zones les plus touristiques du Pays Basque.
En 1990 commencent les travaux de la première phase du Musée, ainsi que la restauration des premières pièces. On aménage aussi de façon provisoire les anciens dépôts du chemin de fer de l' Urola afin d'y réunir le matériel historique éparpillé sur tout le territoire basque.
La première phase du Musée est inaugurée le 20 janvier 1992. Deux salles d'expositions, une bibliothèque, une salle de conférences et des circulations périodiques de trains à vapeur sont une avance de ce qui serait bientôt le Musée, car les travaux de la seconde et définitive phase seraient entrepris quelques mois plus tard.
Tandis que les anciens dépôts et la sous-centrale de transformation sont aménagés comme espaces d'exposition, la récupération et la conservation des véhicules ferroviaires historiques ainsi que d'autres éléments, comme la précieuse collection d'horlogerie ferroviaire réunie par Mr. Jesús Mínguez, se poursuivent.
Finalement, le 4 octobre 1994 est inaugurée la seconde phase du musée qui est à grands traits celle que l'on peut visiter aujourd'hui.
La fin des travaux n'implique pas cependant la conclusion du Musée. Bien au contraire, on a continué le travail de récupération et de restauration des pièces historiques. Il a été prévu également de prolonger les voies où circule le matériel historique jusqu'à la prochaine station thermale de Cestona.
Depuis ces lignes il ne nous reste qu'à inviter à visiter ce Musée si intéressant, peu connu peut-être au Gipuzkoa, mais qui est considéré comme l'un des meilleurs dans son genre sur le plan européen.