Tren garraio publikoan inbertsiorik egin gabe urte asko pasa eta gero, laurogeiko urteen amaieran hasi zen joera hori aldatzen. Euskadiko trenbideak piskanaka-piskanaka berritzen hasi ziren eta horrela, ordura arte zerbitzua eskaintzen ibilitako trenek, batzuek bizkar gainean hirurogei urte baino gehiago ere bazituztela, ondo merezitako atsedana hartu zuten.
Ezinbestekoa zirudien ordurako historikoak ziren tren haiek azkenean zatika deseginda bukatuko zutela, baina ondare aldetik zuten balioaz erakundeak gero eta sentsibilizatuago egotea akuilagarri izan zen Eusko Jaurlaritzako Garraio eta Herrilan Sailak, 1989an, Burdinbidearen Euskal Museoa sortzera bideratutako lehen urratsak eman zitzan.
Aurrena inbentario bat egin zen eta horrek garbi erakutsi zuen Euskadin balio ikaragarriko tren-ondarea zegoela eta horrek bakarrik museo baten sorrera justifikatzen zuela. Gero egoitza egokia bilatu zen. Azpeitiko geltoki zaharra aukeratu zen, bertan terreno zabalak baitzeuden eskura, halako ezaugarriak edukiko dituen museo batek funtsezkoa duen gauza, hain zuzen. Azpeitiak gainera beste elementu interesgarri batzuk ere biltzen zituen, hala nola, bazeudela han trenbidearen inguruko eraikin batzuk estetika eta arkitektura aldetik balio handia zutenak, baita ere hantxe zegoela Urolako trenaren mantenimenduko lantegi zaharra, hasieran bezala gordea mende hasieratik. Bestalde, ez dugu ahaztu behar, Azpeitia eta gertu daukan Loiolako Santutegia, Euskadin turismo aldetik erakartasunik handiena duen alderdietako bat dela.
Museoaren lehen faseko obrak 1990ean hasi ziren, baita lehenengo piezak zaharberritzen ere. Urolako trenaren gordeleku zaharrak ere behin-behinekoz gaitu ziren, Euskadiko geografia osoan barreiatutako material historikoa hara biltzearren.
Museoaren lehen fasea 1992ko urtarrilaren 20an inauguratu zen. Bi erakusketa-areto, liburutegia, ekitaldi aretoa eta lurrinezko trenen aldizkako ibilaldiak, Museoa aurki izango zenaren aurrerakin bat baino ez ziren, hilabete batzuen buruan ekingo baitzieten Museoaren bigarren eta behin-betiko faseko obrei.
Obren bidez tren-gordeleku zaharrak eta eraldaketako indarretxe txikia erakusketa gunetarako berreskuratzen ziren bitartean, aurrera jarraitzen zuten trenbideko ibilgailuak zaharberrituz eta artatuz, baita beste gauza batzuk ere, esate baterako, Jesús Minguez jaunak egindako geltokietako erloju bildumarena.
Azkenean, 1994ko urriaren 4an inauguratu zen Museoaren bigarren fasea, gaur egun ikus daitekeena gutxi gora-behera.
Obrak bururatzeak, ordea, ez du esan nahi Museoa amaituta dagoenik. Aitzitik, pieza historikoen berreskuratze eta zaharberritze lanetan jarraitu dute. Asmoa ere badute, aurki, material historikoaren ibilbidea luzatzekoa, handik gertu dagoen Zestoako Bainuetxeraino luzatu ere.
Hauxe baino ez zaigu falta, lerro hauen bidez gonbita luzatzea jendea museo interesgarri hori bisitatzera joan dadin. Beharbada ez da oso ezaguna Gipuzkoan, baino arlo horretan Europan dagoen onenetakotzat jotzen dute.