L'ingénieur en chef Tiburcio Spanocchi en 1598 proposa la construction d'un petit château qui gardât l'entrée du port de Pasaia. Mais il faut attendre 1620 pour voir Julio de Oviedo et le capitaine Francisco Lupecio rédiger le premier projet de fortification. Le château est situé dans les environs immédiats d'un vieux moulin (Churrutella-errota). Le manque d'argent empêcha l'achèvement de la fortification, puisque seule fut réalisé dans cette première phase le radier de la plate-forme d'artillerie.

24. Plano del Castillo de S[an]ta Ysabel situado sobre el canal del Puerto de Passage:
año de 1754.© Carlos Mengs

Les travaux furent à nouveau ralentis en 1633 en raison de désaccords surgis entre les ingénieurs Jerónimo de Soto et Pedro Palear dit "Fratín". En 1638 et en 1719, le château inachevé fut enlevé par les troupes françaises, qui procédèrent à certaines modifications d'une certaine importance. Des interventions postérieures donnèrent à la forteresse la configuration que purent connaître les gens de Pasaia des débuts du XXe siècle.

Le front de mer était formé par un gros mur en ligne brisée composé de six sections de longueur et d'orientation inégale que soutenait le remblai de la plate-forme principale. Dans le secteur de parapet regardant directement vers l'embouchure du canal du port s'ouvraient quatre créneaux et, en dessous, trois autres pratiqués dans le même nombre de casemates souterraines. Une guérite de surveillance venait compléter le tout, à la confluence de deux pans de muraille.

25. Château de Sainte-Élisabeth vu du mouillage. Gravure du XIXe.© Juan Antonio Sáez

Le front de terre était constitué par une muraille élevée, sur laquelle la troupe pouvait demeurer à couvert d'un faible parapet. Cette muraille était constituée de neuf pans de courte longueur et présentant une orientation différente qui, entre ses redans, permettaient l'aménagement d'un petit édifice (logement du chapelain et, plus tard, caserne d'artillerie). A l'abri de ce mur, mais partant d'une hauteur plus faible, se dressait un édifice de plus grandes dimensions, de plan rectangulaire et haut de quatre étages qui servait de casernement.

Le château cessa de servir en 1867, quoiqu'il fût utilisé de façon sporadique dans les années suivantes. Principal élément du château, la plate-forme d'artillerie fut détruite par les travaux entrepris dans la première moitié du XXe siècle pour améliorer le chenal d'entrée au port. Il héberge aujourd'hui une résidence privée.