Suite à l'abandon des grottes, il se produit un regroupement dans des habitats en plein air, qui avec le temps prendra des formes plus complexes au niveau de la structure et de l'organisation. Selon toutes probabilités, ce processus d'abandon des grottes avait dû débuter bien avant cependant pour s'établir en petits foyers à l'extérieur de la grotte, laquelle conservait peut-être une fonction de refuge dans certains cas ou servait dans d'autres de lieu de stockage pour certaines denrées.
Le choix d'un espace à l'heure de décider un établissement permanent comme celui des villages protohistoriques ne doit rien au hasard. Dans un territoire présentant une considérable variété de reliefs, on opte en général pour des crêtes ou des lieux élevés par rapport à l'environnement, pourvus parfois de précipices ou de différences de niveau qui en rendent l'accès difficile.
Le lieu où ils sont établis, en dehors d'être bien défendu, domine habituellement des voies naturelles de grande importance. Ses occupants disposent ainsi du contrôle visuel sur de considérables étendues susceptibles d'être utilisées en partie pour développer des activités diverses, notamment de nature agricole.
Cette localisation de certains des villages nous permet d'imaginer ce que peut avoir été leur mode d'organisation du territoire. La vallée de l'Oria en ce sens en est un parfait exemple : depuis quatre points élevés occupés par autant de villages fortifiés on est en mesure de dominer visuellement la plus grande partie de la vallée. Les sites de Buruntza, Basagain, Intxur et Murumendi, situés à des distances relativement similaires les uns des autres, nous donnent une idée de ce que pouvait être une distribution d'espaces contrôlés à cette époque. Par ailleurs, certains de ces villages peuvent être aperçus à partir du site contigu. C'est ainsi que de Basagain, il est parfaitement possible d'apercevoir l'emplacement de Buruntza et vice-versa; il en va de même à Intxur, d'où l'on distingue nettement le site de Murumendi.
Les hauteurs au-dessus du niveau de la mer auxquelles sont levés ces sites varient de 868 mètres pour Murumendi à 295 pour Basagain. Cependant, leur cote plus ou moins importante ne gêne nullement la vision de grandes superficies, la différence de niveau par rapport au lit de la rivière ou des rivières proches et aux terrains environnants étant considérable. De sorte que de n'importe quel point de la muraille qui ceinture la totalité du site de Basagain, en dépit de son attitude qui n'est guère excessive, on peut apercevoir de vastes étendues de terre.
Le contrôle de l'eau est également un élément fondamental pour choisir un lieu d'établissement. Même dans les zones dans lesquelles les pluies sont abondantes, les occupants optent en règle générale pour se situer à des endroits dans lesquels il se trouve au moins une source à l'intérieur de l'enclos ou dans ses environs immédiats. L'existence de ces sources n'exclut nullement la collecte d'eau de pluie moyennant différents systèmes à l'intérieur des villages. A cette fin, à l'intérieur des deux habitations fouillées à Intxur on a localisé autant de trous circulaires creusés dans la roche de 1,70 et 0,80 m. de diamètre, pour l'un, et de 0,60 et 0,30 m. de profondeur, pour l'autre.
Uraren kontrola ere funtsezko elementua da kokagunea aukeratzeko garaian. Euri asko egiten duen inguruetan ere, esparru barruan edo gutxienez bertatik hurbil iturri bat zegoen tokietan kokatzera jo ohi zuten. Iturria izateak, hala ere, ez du esan nahi herri barruan ere euri-ura jasoko ez zutenik, hainbat sistema baliatuz horretarako. Izan ere, Intxurren indusitako bi etxebizitzen barnean bertako haitzean horrexetarako propio eginiko bi zulo biribil aurkitu dira, 1,70 eta 0,80 m-ko diametrokoak eta 0,60 eta 0,30 m-ko sakonekoak, hurrenez hurren.